Thans ontstond de situatie dat de economische rechter grotendeels op het zelfde terrein werkte als de tuchtrechter voor de voedselvoorziening, waarbij moet worden opgemerkt dat laatstgenoemde uitsluitend aangeslotenen bij de crisisorganisaties berechtte. De economische rechter was competent ten aanzien van alle delinquenten, dus ook ten aanzien van de georganiseerden. Hierdoor kon het voorkomen dat er door beide rechters uitspraken werden gedaan met betrekking tot één enkele overtreding. Overigens waren personele unies (plv.) economische rechter ' (plv.) tuchtrechter voor de voedselvoorziening bepaald geen uitzondering. Mr. H.K.A. Stoffels merkt in zijn boek "Het besluit tuchtrechtspraak voedselvoorziening" op dat het hier veelal ging om "eenvoudige lieden, die niet gewend waren, veel met de Justitie in aanraking te komen en die zich vaak van het feit eener dubbele berechting eerst bewust werden, als de tweede veroordeling werd geëxecuteerd". Het gevaar bestond dat dezelfde overtreding door beide rechters op verschillende wijze en volgens andere strafmaten werden berecht. Dit werkte rechtsongelijkheid in de hand.

Een extra probleem hierbij was dat voor de opsporing van de economische delicten eveneens bevoegd was de Centrale Crisis Controle Dienst (sedert 1 oktober 1942 genaamd Centrale Controle Dienst), ressorterende onder het Departement van Landbouw en Visserij. Een door deze dienst opgespoord delict (een georganiseerde betreffende) werd via een tuchtrechtelijke verklaring aanhangig gemaakt bij de hoofdambtenaar voor de tuchtrechtspraak. Deze liet een van zijn ambtenaren ter plaatse poolshoogte nemen en diende zo nodig een klacht in bij de tuchtrechter voor de voedselvoorziening. De gewone politie, die ook regelmatig delicten opspoorde, was echter meer gewend in contact te treden met de Officier van Justitie. Dit werd haar bovendien voorgeschreven door art. 152 e.v. van het Wetboek van Strafvordering. Gelukkig bestonden er afspraken tussen de economische parketten en de tuchtrechtambtenaren, waardoor regelmatig overdracht van strafzaken plaatsvond. Dit kon bijvoorbeeld gebeuren wanneer de tuchtrechter voor de voedselvoorziening een bij hem in behandeling zijnde zaak van een dermate ernstige aard achtte, dat hij deze doorzond naar de economische rechter, zodat die een zwaardere straf kon opleggen. De tuchtrechter voor de voedselvoorziening kende bijvoorbeeld niet de mogelijkheid om een vrijheidsstraf uit te spreken.

Met het in werking treden van het Organisatiebesluit Voedselvoorziening 1941 (hierboven reeds genoemd) verloren dus de landbouw-crisisorganisaties allengs haar taak, welke werd overgenomen door de in dat besluit aangewezen bedrijfschappen. Ten einde door het wegvallen van die crisisorganisaties het instituut van het tuchtrecht niet tevens te verliezen, moest worden overgegaan tot het nemen van wetgevende maatregelen, waarbij een basis voor een vernieuwd tuchtrecht zou worden gelegd. Mede om deze reden kwam op 21 september 1942 het Besluit Tuchtrechtspraak Voedselvoorziening tot stand. Twee andere factoren die tot het opstellen van dit nieuwe Besluit hebben geleid zijn:
1. de dubbele berechting door de tuchtrechter en de straf-(economische) rechter en de ongelijke strafmaten, door deze beide instanties aangelegd;
2. de totstandkoming van de organisaties voor de voedselvoorziening (bedrijfschappen) op zuiver publiekrechtelijke grondslag.

Het nieuwe besluit zou een veel grotere spanwijdte krijgen. Waar de tuchtrechtspraak zich in het Organisatiebesluit Voedselvoorziening 1941 uitsluitend toelegde op berechting van overtredingen van de voorschriften, welke door de verschillende organisaties zelf waren uitgevaardigd, omvatte het nieuwe besluit van 1942 tevens de door de Staat ter zake uitgevaardigde voorschriften. De tuchtrechter kreeg een dermate sterke verwantschap met de gewone straf-(economische) rechter dat langzamerhand getwijfeld mocht worden aan het zuiver tuchtrechtelijke karakter. Onder eigenlijke tuchtrechtspraak dient immers te worden verstaan rechtspraak binnen een bepaalde groep van personen ten aanzien van vergrijpen, welke uitsluitend door die personen als groepslid kunnen worden begaan. In de nieuwe opzet zou de tuchtrechter ook kennis moeten nemen van overtredingen door niet-groepsleden. We hebben (aldus Stoffels) te maken met strafrecht, waaraan een tuchtrechtelijk tintje is gegeven.