De economische malaise van de dertiger jaren ging niet ongemerkt aan de ontginningsmaatschappijen voorbij. De kostprijzen voor het ontginnen van gronden stegen, terwijl de verkoopprijzen daalden. Bovendien begon het geld voor het bouwen van boerderijen om de gronden nog enigszins rendabel te maken, te ontbreken *  . Het gevolg hiervan was dat de maatschappijen noodgedwongen de exploitatie voerden over vele hectaren ontgonnen grond, wat een zeer zware rentelast betekende. Het exploitatietekort groeide en de schulden namen hand over hand toe. Zo bedroeg bij voorbeeld in 1933 de schuld van de N.V. Ontginningsmaatschappij De Drie Provinciën ¿ 1.847.256 terwijl er in dat jaar een verlies geleden werd van ¿ 131.715 *  . Voor de maatschappijen noch voor de Staat der Nederlanden was dit een aanvaardbare en verantwoorde situatie. Het rijk ging daarom, onder luid protest van de ontginningsmaatschappijen, nog voor de oorlog over tot een reorganisatie ervan. Deze reorganisatie hield het volgende in *  :

- Alle gronden, zowel ontgonnen als onontgonnen, werden in eigendom overgenomen door de Staat der Nederlanden, tegen betaling van de boekwaarde van de gronden aan de ontginningsmaatschappijen. Deze gronden kwamen op naam te staan van het Departement van Financiën (Gewone Domeinen).

- De ontginningsmaatschappijen zouden gaan optreden als "werklichaam" voor de staat, waarbij zij ressorteerden onder het Departement van Sociale Zaken.

- De rentmeester der Domeinen zou zich gaan bezig houden met de verpachting en verkoop van gronden en eventueel de bouw van boerderijen. Voor de N.V. Ontginningsmaatschappij "De Drie Provinciën" werd de uitzondering gemaakt dat deze maatschappij de gronden waarop geen boerderijen waren gebouwd, zelf in pacht zou blijven uitgeven.

- De kosten van de lonen voor ontginning, ontwatering en verkaveling werden gedragen door het Werkloosheidssubsidiefonds, de kosten voor grondaankoop, administratie enz. door het Ministerie van Sociale Zaken. Het Departement van Financiën ten slotte bekostigde de bouw van boerderijen.

- De gemeenten bleven aandeelhouder, waarbij de staat zich garant stelde voor terugbetaling van het aandelenkapitaal.

De reorganisatie van de ontginningsmaatschappijen had echter niet het gewenste resultaat. De algemene onkosten van de maatschappijen bleven stijgen en kwamen geheel buiten verhouding te liggen tot het belang dat de Staat had bij de uitvoering van ontginningswerkzaamheden onder beheer van de maatschappijen. Bezuiniging op algemene kosten was dringend gewenst. Hoewel de oorlogsjaren niet rampzalig waren geweest voor de ontginningsmaatschappijen (er was vrij normaal doorgewerkt vooral t.b.v. de voedselvoorziening), verbeterd hadden zij deze situatie niet. Om tot een meer economisch beheer van de gronden en materialen en tot een meer efficient gebruik van het personeel te komen werd besloten dat de maatschappijen met elkaar zouden fuseren *  . Hiertoe trad per 31 december 1948 eerst de N.V. Ontginningsmaatschappij "D Vereenigde Groninger Gemeenten" in liquidatie, waarna per 1 januari 1949 haar taak door de N.V. Ontginningsmaatschappij "Het Lantschap Drenthe" werd overgenomen. Op 1 januari 1951 werd het werk van deze maatschappij voortgezet door de N.V. Ontginningsmaatschappij "De Drie Provinciën" gevestigd te Assen en was de fusie van de drie maatschappijen een feit. De voor deze laatste fusie noodzakelijke wijziging van de statuten vond plaats op 7 december 1950 *  .

Bij het samengaan van de maatschappijen konden de aandeelhouders van de afzonderlijke vennootschappen kenbaar maken of ze het voor zichzelf van belang achtten, wel of geen aandelen in de nieuwe vennootschap te nemen. Van de N.V. Ontginningsmaatschappij "De Vereenigde Groninger Gemeenten" was er slechts één gemeente, Vlagtwedde, die vanwege de in deze gemeente uitgevoerde ontginning van het complex Sellingerbeetse wel aandelen in de nieuwe vennootschap wenste. De gemeenten in Friesland en Drenthe die aandeelhouders waren van de afzonderlijke maatschappijen, wilden allen dit aandeelhouderschap voortzetten.

De verdeling van de aandelen was zodanig dat de gezamenlijke gemeenten in Friesland 41 stemmen kregen, die in Drenthe ook 41 en de gemeente Vlagtwedde 2 stemmen *  . De Raad van Commissarissen van de nieuwe vennootschap diende zodanig samengesteld te zijn dat daarin vertegenwoordigers waren opgenomen die de belangen van elk van de drie provincies gelegen streken waar ontginningswerken in uitvoering waren, voldoende konden behartigen. Daartoe werd bepaald dat van de Raad van Commissarissen, die uit ten minste 10 en ten hoogste 16 leden zou bestaan, ten minste 4 leden woonachtig waren in Friesland, ten minste 4 in Drenthe en ten minste 2 in Groningen. Bovendien hadden de ministeries van Wederopbouw en Landbouw ieder het recht een commissaris te benoemen.