De stukken van de in 1859 opgeheven 'eerste' Maatschappij van Weldadigheid zijn in dat jaar aan de Staat afgestaan en door het Departement van Binnenlandse Zaken in bewaring genomen. Dit geschiedde uit kracht van artikel 21 van de overeenkomst gesloten op 27 december 1858 door de regering met de Commissie Baud ' het ad interim bestuur van de Maatschappij *  . De overeenkomst werd goedgekeurd bij Koninklijk Besluit van 19 maart 1859 nr. 56 *  . De eigendomsbewijzen van de in 1859 aan de nieuwe Maatschappij van Weldadigheid overgedragen onroerende goederen werden daarvan uitgezonderd; deze zijn aan het nieuwe bestuur ter hand gesteld *  .

Aanvankelijk werd bij contract van 15 september 1859 tussen het nieuwe bestuur van de Maatschappij van Weldadigheid en de Gecommitteerde der Regering bepaald dat, naast de administratie, goederen, kasgelden en lopende overeenkomsten met leveranciers, ook de boeken en het archief van de vrije koloniën weer aan de Maatschappij zou worden overgedragen *  . Een scheiding van het archief van de gestichten en dat van de vrije koloniën bleek echter op onoverkomelijke bezwaren te stuiten. De nieuwe overeenkomst van 3 januari 1860 tussen de Maatschappij en de Minister van Binnenlandse Zaken bepaalde daarop, dat het onverdeelde archief van de vrije en onvrije koloniën aan de Staat werd overgedragen *  .

Bij Koninklijk Besluit van 10 september 1874 werd het beheer van de gestichten te Ommerschans en Veenhuizen overgenomen door het Departement van Justitie, zodat het archief naar dit departement werd overgebracht. De stukken die betrekking hadden op de gestichten te Veenhuizen en Ommerschans lagen vanaf 1 januari 1875 in "een zeer verwarde toestand en onder puin bedolven" op de zolder van het departement. Met het oog op een mogelijke restauratie van het gebouw werden deze stukken in 1902 met machtiging van de Minister van Binnenlandse Zaken naar het Algemeen Rijksarchief overgebracht. Op het Departement van Justitie waren de stukken deels in portefeuilles, deels in pakken bij elkaar gebonden, voorzien van een opschrift. De inhoud van verreweg de meeste pakken stemde echter niet overeen met de desbetreffende opschriften, zodat herordening noodzakelijk bleek. In 1909 begon de hoofdcommies W.G. Ross hiermee, waarbij de oude orde van het archief ' voor zover mogelijk ' werd hersteld. Deze herordening geschiedde met het oog op de overdracht van zowel het archief van de vrije koloniën als het archief van de gestichten aan het Algemeen Rijksarchief. Deze overdracht vond plaats bij proces-verbaal van 30 juni 1909 *  .

In 1916 werd het gehele archief tot 1859 geïnventariseerd door de hoofdcommies J.C. Beth. In 1946 werd het archief met deze inventaris, in verband met de door het Algemeen Rijksarchief toegepaste verspreiding van de daarvoor in aanmerking komende archieven naar de provinciale depots, overgebracht naar het Rijksarchief in Drenthe. Dit geschiedde, nadat op het Algemeen Rijksarchief de voor vernietiging vatbare stukken eruit waren verwijderd *  . De materiële toestand van de portefeuilles bleek in 1962, bij verplaatsing van het archief naar een ander depot, slecht te zijn; in dat jaar werden vele portefeuilles hersteld of door nieuwe vervangen *  .

Het bestuur van de nieuwe Maatschappij van Weldadigheid zetelde vanaf 1859 niet langer in Den Haag maar in Frederiksoord, waar het archief vanaf dat jaar dan ook werd gevormd. Daarnaast echter waren er belangrijke documenten uit de periode 1818-1859 in Frederiksoord opgeborgen: statuten en reglementen, jaarverslagen, financiële stukken, door de Permanente Commissie uitgevaardigde besluiten en instructies, rapporten van staatscommissies, het contract met de Staat uit 1843, Tweede Kamerstukken over de Maatschappij, archieven van bestuurs- en commissieleden en stukken betreffende onroerende goederen. Ook de archieven van meerdere subcommissies uit deze periode waren naar Frederiksoord overgebracht. In 1975 werd van alle archivalia in Frederiksoord een plaatsingslijst opgemaakt door mevrouw ir. C.A. Kloosterhuis, in verband met haar dissertatie: een onderzoek naar de bevolking van de vrije koloniën van de Maatschappij van Weldadigheid.

De eerste contacten tussen het rijksarchief in Drenthe en de Maatschappij van Weldadigheid dateren uit 1977. Met de rentmeester van de Maatschappij, G.J. Koenders, werd toen in eerste instantie afgesproken, dat het in Frederiksoord opgeborgen archief in principe openbaar zou zijn voor wetenschappelijk onderzoek, waarbij de stukken na overleg met de heer Koenders ter inzage op het rijksarchief konden worden gedeponeerd *  . De rijksarchivaris in Drenthe was echter van mening dat het archief naar Assen moest worden overgebracht, niet alleen uit praktisch oogpunt, maar ook met het oog op bewaring en conservering. In 1978 en 1979 was er regelmatig contact tussen het rijksarchief en de Maatschappij over de raadpleging, berging en schoning van het omvangrijke archief in Frederiksoord, dat zo'n 150 m omvatte. In 1980 deed de rijksarchivaris de heer Koenders het voorstel tot in bewaring geving van het gehele archief aan het rijksarchief in Assen. Het bestuur van de Maatschappij stond hier niet onwelwillend tegenover. Ten gevolge van enkele onduidelijkheden over de tussen de Maatschappij en het rijksarchief gemaakte afspraken ontstond er enige vertraging, maar in 1985 kwam men tot definitieve overeenstemming, waarna het archief kon worden overgebracht *  .