Zoals gezegd is er sprake van een gemeente in Assen vanaf 1615, toen de eerste predikant beroepen werd door Drost en Gedeputeerden. Het is waarschijnlijk dat vanaf omstreeks die tijd ook de colleges van kerkenraad, diakenen en kerkvoogden zijn gaan functioneren, doch met de zich in de archieven bevindende gegevens valt dat niet te bewijzen. Het eerste notulenboek van de kerkenraad begint pas in 1765. Het bestaan van de diaconie kan bewezen worden vanaf 1652, als de eerste rekeningen aanvangt (no.183), maar van de aanwezigheid van de kerkvoogdij valt voor 1800 niets met zekerheid te zeggen.

Het in 1816 ingevoerde algemeen reglement voor het bestuur der hervormde kerk *  schreef een betere organisatie voor, hetgeen speciaal met betrekking tot de administratieve zijde in 1820 nog werd uitgebreid met een reglement op de administratie der kerkelijke fondsen en de kosten van de eredienst *  . Aan de kerkenraad was door artikel 87 van het algemeen reglement de zorg voor de openbare godsdienst, het christelijk onderwijs en het opzicht over de leden van de gemeente opgedragen. Dat dit in de loop van de 19e eeuw niet tot tevredenheid van de gehele gemeente geschiedde, blijkt uit de in de zeventiger jaren opgerichte Vereeniging voor Evangelisatie en Onderwijs, die in 1879 overging in de Vereeniging voor Christelijke Belangen *  . Deze verenigingen richtten zich tegen de groeiende vrijzinnigheid in de hervormde kerk. De Vereeniging voor Christelijke Belangen beriep een eigen predikant, die diensten voorging in een eigen gebouw, aanvankelijk aan de Vaart, sinds 1913 in de kapel aan de Oosterhoutstraat. In en na de Tweede Wereldoorlog zijn de hervormde en de Kapelkerk (zoals de vereeniging ook wel werd genoemd) weer naar elkaar toegegroeid. Na 1945 konden de inmiddels twee predikanten van de Vereeniging worden beroepen als predikanten voor bijzondere werkzaamheden, verbonden aan de hervomde gemeenten. De Vereeniging werd allengs kleiner en werd tenslotte in 1971 geliquideerd.

In hetzelfde jaar 1954 vond er nog een organisatorisch feit plaats: de hervormde gemeente was zo groot geworden dat besloten werd tot een verdeling in twee wijkgemeenten, Noord en Zuid. Deze verdeling werd in 1961 vervangen door een nieuwe, die Assen in vijf wijkgemeenten verdeelde: Holt-Esch, Vredeveld, Nijland, Lariks en Rozenburg.

De diaconie was de zorg voor de armen toegedeeld. Blijkens de archiefstukken hielden diakenen zich in de 17e en 18e eeuw hiermee al bezig. De zorg voor de armen omvatte tevens de regeling van hun begrafenissen. De diaconie had voor de armenzorg de beschikking over een armenhuis aan de Groningerweg *  . In 1851 verkocht zij dit gebouw echter en liet zij aan de Rolderstraat en werk- en weeshuis bouwen *  dat onder leiding kwam te staan van een vader en moeder. Het doel van dit gesticht was ' volgens het reglement ' de armen en wezen op doelmatige wijze te verzorgen, hen tot werkzaamheden op te leiden en christelijke zin en wandel te bevorderen. De functie van werkhuis verloor het gesticht al spoedig en sinds 1908 werden ook geen wezen meer opgenomen *  . Het diaconiehuis kreeg meer het karakter van verzorgingshuis voor hen, die wegens hun ouderdom niet meer in hun onderhoud konden voorzien. Het kreeg dan ook de naam Tehuis voor Ouden van Dagen, hetgeen na de laatste oorlog gewijzigd werd in Bejaardentehuis Avondrust. De bewoners verhuisden in 1967 naar een nieuw huis, De Wijde Blik, waarna het oude huis aan de Rolderstraat werd afgebroken. Sinds 1962 geldt ook voor de diaconie de verdeling in vijf wijkgemeenten. Er zijn vijf wijkraden van diakenen, waaruit de Centrale Diaconie wordt gevormd.

De taak van de kerkvoogden is de zorg voor kerkelijke gebouwen en goederen en de administratie daarvan. Hierin werden zij bijgestaan door notabelen uit de gemeente die onder andere begrotingen en jaarrekeningen vaststelden en kerkvoogden kozen. Sinds 1839 werden de gelden in de kerk ingezameld door de Commissarissen over het kerkelijk fonds, een onder verantwoordelijkheid van kerkvoogden fungerend college van collectanten. De naam commissarissen raakte in de loop van deze eeuw in onbruik. Tot 1962 bestond het college van kerkvoogden uit 8 personen. Sinsdien zijn er wijkraden van kerkvoogden, waaruit afgevaardigden samen met president- kerkvoogd en secretaris-kerkvoogd de Centrale Kerkvoogdij vormen.