De opstand van de Nederlanders tegen hun wettige landsheer Philips II, die vanaf 1572 enige vorm begon te krijgen en in de geschiedenis bekend is geworden als de Tachtigjarige Oorlog, heeft geleid tot een onafhankelijkheidsverklaring in 1581. Ieder gewest zou in zijn eigen zaken autonoom zijn en alleen in zaken van gemeenschappelijk belang het gezag van de Staten-Generaal erkennen. Niet geheel volgens de bedoeling ging het in Groningen en Drenthe. Deze gewesten hadden sinds 1577 de graaf van Rennenberg als stadhouder, maar hij besloot in 1580 niet met de andere stadhouders mee te gaan in de afzwering van Philips II. Pas nadat in 1592 Coevorden door Maurits en Willem Lodewijk was veroverd, in het jaar daarop gevolgd door geheel Drenthe en in 1594 door Groningen, waren de Spanjaarden geheel uit het noorden verdreven *  . Op 22 juni 1595 werd Willem Lodewijk door de Staten-Generaal tot stadhouder en kapitein-generaal van Groningen benoemd, op 24 augustus 1596 in diezelfde functies in Drenthe.

Het verdwijnen van de koningsgezinde regering had ook op godsdienstig gebied gevolgen. Hoewel de Unie van Utrecht, die ook door Drenthe was ondertekend, vrijheid van godsdienst voorschreef, werd de Nederduits- gereformeerde kerk toch de officiële kerk in de Nederlanden *  . Voor Drenthe had dit tot resultaat dat Willem Lodewijk op 10 mei 1598 op last van de Staten- Generaal de reformatie voor Drenthe afkondigde *  . Overigens waren al eerder reformatorische invloeden waar te nemen geweest in Drenthe. Al ten tijde van hertog Karel van Gelre (1522-1536) klaagden abdis en conventualen van Assen over de verdrukking en vernedering van de geestelijkheid door de Lutheraanse ketterij *  . Ook Picardt spreekt er in zijn Chronyck der Landtschap Drenthe van, dat in 1529 zeer velen de reformatie aannamen, niet meer ter misse gingen en een afkeer van de pauselijke leer en ceremoniën toonden *  .

Ter uitvoering van het besluit van Willem Lodewijk werd op 12 augustus van dat jaar in Rolde de eerste Drentse synode gehouden, die toen aangeduid werd met de naam "classis". Dit woord werd in 1602 aangevuld door "Drentina" en in 1603 door "generalis". Sedert 1618 werd definitief van "Synodus"gesproken, terwijl in later jaren ook de term Hoge Kerkvergadering gebruikt werd.

In 1602 werd onder leiding van de predikant Menso Alting het besluit genomen Drenthe te verdelen in drie classes: Meppel, Rolde en Emmen *  . Deze drie classes zouden dan eenmaal per jaar als classis generalis samenkomen. Bovendien werden zij op advies van de stadhouder gevoegd bij de synode van de stad Groningen en de Ommelanden *  ter bevordering van eenheid, contacten en naleving der kerkorde. Na drie synoden te hebben bijgewoond bleven de Drentse predikanten echter na 1604 uit Groningen weg *  .

Over de eerste Drentse kerkorde bestaat enige onzekerheid. Reeds op de eerste classis werd gesproken van een kerkordening. Ook op de vergadering van 1602 was daarvan sprake. Maar welke kerkorde werd nu toegepast, de door de graaf van Leicester voor de Verenigde Nederlanden uitgevaardigde kerkorde of die van Groningen? In het algemeen wordt aangenomen dat de Drentse kerken in beginsel gehouden waren de Groningse kerkorde na te leven, echter aangevuld door de besluiten van de generale synoden, terwijl daarnaast zich een specifiek Drents kerkrecht ontwikkelde in de synodale besluiten *  . Pas op de synode van 9 november 1630 werd een commissie benoemd om uit de in de loop der jaren genomen besluiten der synode een kerkorde te vormen *  .

Nog duurde het tot de landdag van 13 februari 1638 voordat Ridderschap en Eigenerfden het ontwerp goedkeurden. Uit de voorrede van de kerkorde van 1730 blijkt dat het ontwerp werd samengesteld uit de vroegere besluiten der Drentse synoden, echter niet zonder de kerkorde van de Nationale Synode van Dordrecht in 1618/1619 geraadpleegd te hebben *  . De grote wens tot algehele onafhankelijkheid van het wereldlijk bestuur ging evenwel niet in vervulling: Ridderschap en Eigenerfden, vertegenwoordigd door Drost en Gedeputeerden, behielden het hoogste toezicht:
- de door degenen, die het recht van beroeping hadden, gekozen predikant werd door Drost en Gedeputeerden bevestigd (art. 3);
- de visitatoren werden benoemd namens de stadhouder door Drost en Gedeputeerden (art. 62). Sinds 1730 moesten zij hen ook rapport uitbrengen (kerkorde 1730 art. 55) .

De nieuwe kerkorde ging uit van drie kerkelijke samenkomsten: de kerkenraad, de classicale vergadering en de synode (art. 34). Hun taak was de bevordering van de kerkdienst, deze door hun voorbeeld onder de mensen te brengen en de predikanten, ouderlingen en diakenen de helpende hand te reiken. Daartegenover moesten predikanten, ouderlingen en diakenen de gemeente gehoorzaamheid, liefde en eerbied voor de magistraat "inscherpen" (art. 39). Dit artikel is slechts een richtsnoer, geen omschrijving van werkzaamheden. Voor de kerkenraad wordt dit gedaan in artikel 43: "ten eynde sij (de kerkenraad) met eenparige stemmen nae Godes Woordt alle onstichtelijcke disordren ende ergernissen in der daet mogen weeren ende wechneemen, opdat goede eenicheyt ende Godtsalicheyt in de Gemeente Godts bevordert werde". Concreter gezegd: opzicht over het gedrag der gemeente en de navolging der leer en heiliging der sacramenten.

De classis was een vergadering van predikanten, die toezicht hield op de leer en de levenswandel van predikanten en proponenten, ouderlingen, diakenen, schoolmeesters en de gemeenten *  . De predikanten en schoolmeesters moesten de Heidelbergse catechismus en de Canones Synodi Nationalis Dordacenae onderschrijven, zowel in de classis als in de synode (art. 66).

De kerkorde beschrijft in de artikelen 45-55 helder de gang van zaken ter classicale vergadering. Uit de aanwezige broeders wordt na gebed een praeses en een scriba gekozen. De praeses vraagt alle predikanten of zij in hun kerken
"1. haers kerkenraets vergaederinge holden?
2. off de kerckelicke diciplin geoeffent?
3. de armen ende scholen besorgt werden?
4. ofte iets daerinne sij het ordeel ende hulpe des Classis tot rechte eenige kerkelycke gebreecken ende abusen bevonden werden?
5. ofter oock eenige kerkelycke gebreecken ende abusen bevonden werden?
6. te vraegen, hoe verre een jegelyck in de Catechismi predicatien gecomen sij?"
De novitii (kandidaten) doen een proefpredicatie, waarover de anderen zullen oordelen. In de laatste vergadering vóór de synode worden de af te vaardigen predikanten gekozen alsmede de visitator.
Vervolgens onderzoekt men de testimonia van hen die in de classis de dienst zullen aanvaarden. Op vacante plaatsen voorziet de classis in de bediening. Tenslotte wordt in aanwezigheid der visitatoren censura morum gehouden over hen die strafbaar gehandeld hebben. De visitatoren stellen de gravamina generalia (verslagen over gebreken in de gemeenten) op om ze na rondzending langs de classes te bespreken op de synode. Jaarlijks, "ten waere dat den noot anders vereyschte", moest in de landschap een synode gehouden worden en wel op de tweede dinsdag na Pinksteren (art. 56). Dat dit niet altijd gebeurde, blijkt uit de hierna volgende lijst van gehouden synoden. Elke classis zond drie predikanten en een visitator, voorzien van geloofsbrieven (art. 57). Ter vergadering werd een praeses, een scriba en (sinds 1614) een assessor gekozen.

Om met name de taak van de synode te begrijpen dient het begrip van de "meerder en minder vergadering" in het oog gehouden te worden. Ten opzichte van de kerkenraad is de classis de meerder vergadering, t.o.v. de synode is de classis de minder vergadering. De artikelen 40-42 van de kerkorde van 1638 zeggen erover dat men in meerder vergadering niet zal behandelen wat in minder vergadering afgedaan kan worden. Dit geldt voor de classis ten aanzien van de kerkenraad, voor de particuliere synode t.a.v. de classes en voor de generale synode t.a.v. de particuliere. Van een besluit van een minder vergadering is beroep mogelijk op de meerder vergadering. Wat dus op de classicale vergadering niet behandeld kan worden, wordt besproken op de synode. In de synode kwamen ter tafel de gravamina generalia (art. 55); de getuigschriften der novitii werden bekeken en een predicatie van hen werd aangehoord (art. 52); er werd uit elke classis een visitator gekozen ter beoordeling van plaatselijke ambtsdragers en toestanden. In de synode moesten de predikanten de Heidelbergse Catechismus en de Canones Synodi Nationalis Dordracenae ondertekenen (art. 66).

De invloed van het wereldlijk bestuur bleek weer bij de instelling van een pensioenfonds voor weduwen en wezen van predikanten, die bij hun overlijden in Drenthe dienden. Nadat de classis generalis op 7 september 1613 besloten had een dergelijk pensioen te gaan uitkeren, voor welk doel iedere predikant 1 pond per jaar moest opbrengen, wilden Ridderschap en Eigenerfden jaarlijks aan de predikantsweduwen een subsidie van 50 Caroli guldens verlenen, op te brengen uit de domeinen *  . Deze pensioenen moesten jaarlijks op de synode betaald worden en als er geen synode gehouden werd, kweten de visitatoren zich van deze taak (art. 16 en 17 van de kerkorde).

De kerkorde van 1638 bleef in hoofdzaak gehandhaafd tot 1730. Toen waren de wijzigingen en verbeteringen zo talrijk geworden dat een herziening gewenst was. Reeds in 1721 hadden de predikanten bij Drost en Gedeputeerden aangedrongen op een dergelijke wijziging. Op de synode van 1728 gelastten Drost en Gedeputeerden de classes een kerkorde op te stellen. Het door hen vervaardigde concept werd op de landdag van 14 maart 1730 goedgekeurd *  . Tevens werd toestemming gegeven om de hernieuwde kerkorde in druk uit te geven *  . Ook deze kerkorde verouderde, want op 22 maart 1791 besloten Ridderschap en Eigenerfden de drie visitatoren en uit elke classis één predikant te benoemen 'tot revisie der kerkenorder" *  . Aan deze commissie werden in 1793 de landschrijver en de landschapssecretaris toegevoegd, maar het resultaat zal waarschijnlijk wel in de woelige stroom der Franse tijd zijn omgekomen.

De Drentse synode is blijven bestaan tot in het begin van de negentiende eeuw. Op 15, 16 en 17 van Oogstmaand 1809 is de laatste vergadering gehouden, terwijl na 1793 alleen nog in 1805 een synode was geweest.

De Nederlanden waren in 1814 een koninkrijk geworden, gegrondvest op een grondwet. Op 7 januari 1816 kreeg ook de Hervormde Kerk een basis, doordat Willem I bij Koninklijk Besluit het "Algemeen Reglement voor het Bestuur der Hervormde Kerk in het Koninkrijk der Nederlanden" uitvaardigde. Deze kerkorde ontstond onder zeer sterke invloed van de Koning. Dit blijkt niet alleen uit de wijze van uitvaardiging, maar vooral uit artikel 15 van de kerkorde: "Geene veranderingen kunnen in dit reglement gemaakt worden, dan door Zijne Majesteit, op voorstel, of immers na voorafgaande overweging bij het Synode, hetwelk echter, vóór en aleer ten dezen besluit te nemen, daarop de consideratiën zal inwinnen van de provinciale kerkbesturen" *  .

De belangrijkste veranderingen op kerkbestuurlijk gebied die met deze kerkorde werden ingevoerd, waren gelegen in het feit dat de (landelijke) synode nu eens in het jaar bijeenkwam, vervolgens dat op provinciaal niveau het provinciaal kerkbestuur min of meer de opvolger werd van de vroegere synode. Opgemerkt dient ook hier de invloed van de koning. Alle leden van de eerste synodale vergadering werden door de Koning benoemd, terwijl ook de leden van de provinciale kerkbesturen door de Koning benoemd werden uit de classes.

Het Provinciaal Kerkbestuur werd samengesteld uit de predikanten der classes, uit elke classis één, alsmede een (oud-)ouderling (art. 31). Hieruit werd door de Koning een president en een secretaris benoemd (artt. 37 en 38). Elk bestuurslid had een secundus of plaatsvervanger.

Als taak noemt artikel 41 de zorg voor de belangen van de godsdienst, de bewaring der goede orde en de handhaving der kerkelijke wetten. Om dit te bereiken kreeg het Provinciaal Kerkbestuur de bevoegdheden reglementen te maken in zijn ressort, gegrond op algemene verordeningen, besliste het in geschillen in of tussen classicale besturen, fungeerde het als beroepsinstantie in kerkelijke geschillen (artt. 41-44). Het verleende admissie tot de predikdienst en had het recht predikanten, kandidaten en ouderlingen af te zetten (artt. 45-47). Ook werd het belast met het beheer van de provinciale weduwenbeurs (art. 48). Uit de provinciale kerkbesturen werd een lid afgevaardigd naar de synode (art. 17).

De grondwetsherziening van 1848 bewerkstelligde de scheiding tussen kerk en staat. De kerk voerde dientengevolge een zelf ontworpen Nieuw Algemeen Reglement in, dat toch weer bij KB van 23 maart 1852 bekrachtigd werd onder elf reserves, die echter zijn ingetrokken bij KB van 22 juli 1870.

Vanaf 1870 werden allerlei pogingen ondernomen om het Algemeen Reglement te hervormen. Vele ontwerpen werden ingediend. Zo werd ook in februari 1942 de Commissie voor beginselen van een kerkorde ingesteld, die een "Werkorde"-ontwerp moest opmaken. In juli 1945 werd het ontwerp met vrijwel algemene stemmen aangenomen. Op 7 december 1950 nam de Generale Synode tenslotte met 76 tegen 14 stemmen het ontwerp van een nieuwe kerkorde aan. De officiële datum van in werking treding van deze nieuwe kerkorde werd vastgesteld op 1 mei 1951 *  .

De naam van het provinciaal kerkbestuur werd gewijzigd in provinciale kerkvergadering. In de Provinciale Kerkvergadering kwamen uit elke classis drie predikanten en drie andere ambtsdragers (Ord. 1, art. 7-9, 22). Als adviseurs namen deel de praeses en een lid van de visitatoren-provinciaal. Praeses, scriba en assessor van de Provinciale Kerkvergadering vormen het moderamen. Voor de tijd dat de vergadering niet bijeen is, wordt het moderamen uitgebreid met vier leden tot het breed moderamen. De Provinciale Kerkvergadering is een soort "kerkenraad" voor het territoir der provincie *  , belast met het leiding geven aan het leven en werken der kerkprovincie, het contact houden tussen de provincie en de generale synode en het opzicht, met name over de dienst des Woords en de catechese.