Een genealogie is verschenen in Nederland's Patriciaat, 14e jaargang (1924). Deze is echter niet volledig: juist Isaac Theodorus, die trouwde met Henrica Fockema, wordt hierin niet vermeld. Ook de kinderen van deze generatie zijn nog niet opgenomen. De aanvulling hierna is gebaseerd op het testament en de boedelverdeling van Henrica Fockema (de tussen rechte haken vermelde plaatsnamen zijn de woonplaatsen ten tijde van haar overlijden in 1875). Als nummering is die van Nederland's Patriciaat aangehouden. Er bestaat geen directe aansluiting bij de genealogie Gratama. Henrica Fockema is een zuster van Sjoerdtje Fockema, de echtgenote van mr. Hendrik Gratama (VIIIb).

IV Fredericus Arnoldus Bernardus Hugenholtz, geb. IJsselstein 26 aug. 1755, ovl. Amsterdam 9 sept. 1819.
Tr. IJsselstein 9 juli 1789 Marie Mertilda Cornelia ter Bruggen, geb. 29 maart 1765, dochter van dr. Isaac ter Bruggen en Anna Catharina Beyen, en weduwe van Jacob Anthony Omphal.
Uit dit huwelijk:
1. Petrus Arnoldus Conradus, volgt V.
2. Frederik Jacob Anthony, volgt Vbis.
3. Johannes, volgt Vter.
4. Isaac Theodorus ter Bruggen Hugenholtz (R.M.W.O. 4, R.N.L.), geb. IJsselstein 28 mei 1801, ovl. Den Haag 25 jan. 1871; luitenant ter zee, lid raad van Dokkum, lid Provinciale Staten van Friesland, lid Tweede Kamer der Staten-Generaal, lid Raad van State.
Tr. Dokkum 4 sept. 1833 Henrica Fockema, geb. Dokkum 20 nov. 1804, ovl. Den Haag 16 maart 1875, dochter van Eelco Fockema en Gertje Tonnema (zie Fockema VIIa).
5. Elisabeth Elbertha Catharina Hugenholtz, tr. Frederik Anton Johr [Amsterdam].
Uit dit huwelijk een dochter Henriette Johr.

V Ds. Petrus Arnoldus Conradus Hugenholtz (R.N.L.), geb. Amsterdam 6 april 1790, ovl. Dokkum 14 febr. 1868; predikant te Vorden 1812, te Dokkum 1827, emeritaat 1862.
Tr. Vorden 4 sept. 1814 Guillette Bruinier, geb. Lochem 24 aug. 1793, ovl. Dokkum 11 mei 1866, dochter van ds. Jan Hendrik Bruinier en Johanna Albartha ter Maeten, en weduwe van N.N. Meylink.
Uit dit huwelijk:
1. Maria Mathilda Cornelia Hugenholtz, tr. Samuel Willem Willeumier [Amsterdam].
2. Johanna Albertha Hendrica Hugenholtz, tr. Anne Posthuma [Dokkum].
3. Frederik Jacob Anthony Hugenholtz, geb. Vorden 27 april 1824, ovl. Winterswijk 4 sept. 1878.
Tr. Winterswijk 3 aug. 1848 Anna Aletta Tenkinck, geb. Winterswijk 27 maart 1821 [Winterswijk].
4. Albertha Arnolda Catharina Hugenholtz, tr. ds. Jan Douwes [Liens].
5. Elisabeth Theodora Johanna Stoffelina Hugenholtz.
Tr. Frans Anton Jas [Amsterdam].
Uit dit huwelijk een dochter Cateau Jas, die sinds ongeveer 1870 als gezelschapsdame van haar tante Hendrica Hugenholtz optrad.
6. Helena Jacoba Theodora Hugenholtz [Amsterdam].

Vbis Frederik Jacob Anthony Hugenholtz (M.W.O.), geb. Amsterdam 4 jan. 1792, luitenant-ter-zee eerste klasse, ovl. tijdens terugreis van Indië aan boord Z.M. korvet 'Pollux' 12 sept. 1832.
Tr. Vorden 13 jan. 1824 Alberta Stoffelina Geertruida Bruinier, geb. Lochem 21 okt. 1798, ovl. Warnsveld 1857, dochter van ds. Jan Hendrik Bruinier en Johanna Albartha ter Maeten.
Uit dit huwelijk:
1. Jan Albert Hendrik Hugenholtz (R.N.L.), geb. Amsterdam 12 maart 1825, ovl. Den Haag 24 febr. 1874; kapitein-luitenant-ter-zee.
Tr. Den Haag 21 april 1869 Elsje Poolman, geb. Batavia 1835, dochter van Willem Poolman en Carolina Jacobs [Haarlem].
2. Petrus Arnoldus Conradus Hugenholtz, geb. Amsterdam (?) 21 maart 1828, ovl. Rotterdam 13 aug. 1903.
Tr. 1e Amsterdam 23 jan. 1862 Elizabeth Arendina Santhagens, geb. Amsterdam 19 maart 1830, ovl. Nieuwediep 31 okt. 1877, dochter van Dirk Jacobus Santhagens en Vrouwelina Johanna Jas [Den Helder].

Vter Johannes Hugenholtz, geb. Amsterdam 21 juli 1794; tr. 1e Mathilde Mari.
Uit dit huwelijk:
1. Fredericus Arnoldus Bernardus, volgt VI.
2. Maria Mathilda Cornelia Hugenholtz [Delft].

VI Fredericus Arnoldus Bernardus Hugenholtz, geb. Amsterdam 14 sept. 1820, ovl. Oakland, CA 11 juni 1876; directeur Mij. 'Recht door Zee' te Vlaardingen.
Tr. Rotterdam 27 april 1853 Elizabeth Maria van Leeuwen, geb. Rotterdam 6 maart 1826, ovl. Apeldoorn 20 nov. 1909, dochter van Jan Jacob van Leeuwen en Neeltje van der Lee [Delft].