Prakke heeft zijn hele leven verzameld en archief gevormd. Zijn totale collectie was tegen het eind van zijn leven dan ook zeer omvangrijk; in zijn boerderij in Meppen lag alles opgeslagen op de enorme deel en in de voorkamer. Bij zijn dood was de collectie echter al lang niet meer compleet. Een gedeelte van zijn papieren nalatenschap vertrouwde hij toe aan zijn vakgenoot en huisvriend prof. dr. Joan Hemels en nog vóór zijn dood bereikte een deel de verzamelaar Jans Brands uit Nieuw-Dordrecht, die een bijzondere band met Prakke had. Daarnaast is het Letterkundig Museum in Den Haag is in het bezit van een drietal niet nader gecatalogiseerde mappen archivalia van Prakke, vijf door hem geschreven boeken en ruim vijfhonderd door hem geschreven of aan hem gerichte brieven over de periode 1916-1978. In het Drents Archief is correspondentie van Prakke te vinden in de navolgende aanwezige archieven: collectie dichter-conferencier Roel Reyntjes, Van Gorcum, Drents Genootschap, Gratama, collectie ir. H. Brand en collectie Heerma van Voss. Wie echter nog meer in bezit zijn gekomen van archivalia en wat zij precies hebben gekregen, is niet meer na te gaan. Al in Meppen, maar met name bij de verhuizing van de Prakkehof naar het Prakkehofke in Roden, gaf Prakke publicaties en archiefstukken weg, vooral als hij wist dat er weer door anderen gebruik van gemaakt zou worden.
Verschillende keren heeft Prakke een begin gemaakt met het ordenen en deels ook vernietigen van correspondentie, maar telkens hield hij er mee op omdat "zijn leven dan als een film aan hem voorbij trok" en hij er ook te moe van werd.

Bij Van Gorcum in Assen, op het Sociologisch Instituut van de Rijksuniversiteit Groningen en op het Institut für Kommunikationswissenschaft van de Westfälische Universität van Münster is vanzelfsprekend nog de 'zakelijke nalatenschap' van Prakke aanwezig. In Münster heeft dr. Petra Klein uit Leipzig ten behoeve van haar dissertatie 'Henk Prakke und die funktionale Publizistik' (2006) onder meer logboeken uit het persarchief en ordners van medewerkers en promovendi over de periode 1960-1969 geraadpleegd.

In 1999 werd een provinciale commissie in het leven geroepen (onder meer bestaande uit de provinciaal historicus, de provinciaal archiefinspecteur en de plaatsvervangend directeur van het toenmalige Rijksarchief in Drenthe), om onderzoek te doen naar de cultuurhistorische waarde van de Brandscollectie. Deze bestond uit boeken, charters, handschriften, kaarten en archiefstukken van verzamelaars en archiefvormers, waaronder Prakke. De collectie werd ondergebracht bij de Provinciale Bibliotheek Centrale (PBC) in Assen, die haar in opdracht van de provincie door het Drents Archief liet inventariseren. Ook van de archiefstukken van Prakke, die zich in een paar dozen bevonden, werd een inventaris gemaakt. De boeken uit de collectie kregen uiteindelijk een vaste plek in een speciaal daartoe ingerichte ruimte in de openbare bibliotheek van Emmen, waarbij het echter slechts om een klein aantal boeken van Prakke ging; het merendeel bevindt zich in Nieuw-Dordrecht. De rest van de collectie ging terug naar de PBC, die het op zijn beurt weer teruggaf aan Brands.

Begin 2006 ging Jans Brands akkoord met de overbrenging van zijn gedeelte van het papieren archief van Prakke naar het Drents Archief. Het archief dat toen in het Drents Archief werd overgebracht had een omvang van circa 2 meter, aanzienlijk meer dan de archivalia die voordien waren geïnventariseerd, zodat het grotendeels nog ongeïnventariseerd archief betrof. Direct na de overbrenging werd begonnen met de inventarisatie. Deze moest echter worden stopgezet toen er onduidelijkheid ontstond over de vraag of het om een schenking dan wel om een in bewaringgeving van het archief ging. In 2007 werd alsnog overeenstemming bereikt en plaatsten beide partijen hun handtekening onder een akte van in bewaringgeving.