De collectie Wieringa was vóór inventarisatie niet bepaald geordend meer. Met de inventarisatie van de collectie is er een ordening in de gegevens aangebracht. Deze ordening is zoveel mogelijk gebaseerd op de indeling die Wieringa zelf hanteerde. Een belangrijk onderdeel hiervan vormen de 34 Drentse gemeenten van vóór de gemeentelijke herindeling van 1998. Dat zijn: Anloo, Assen, Beilen, Borger, Coevorden, Dalen, Diever, Dwingeloo, Eelde, Emmen, Gasselte, Gieten, Havelte, Hoogeveen, Meppel, Nijeveen, Norg, Odoorn, Oosterhesselen, Peize, Roden, Rolde, Ruinen, Ruinerwold, Schoonebeek, Sleen, Smilde, Vledder, Vries, Westerbork, De Wijk, Zuidlaren, Zuidwolde en Zweeloo. Wieringa nummerde deze gemeenten alfabetisch van 1 tot en met 34. Tegelijkertijd hanteerde Wieringa ook een andere nummering van de 34 gemeenten. Deze indeling is meer territoriaal van opzet, waarbij gemeente Roden nummer 1 is en Smilde nummer 34. De oplopende getallen zijn hierbij steeds gemeenten die doorgaans naast elkaar liggen of in ieder geval bij elkaar in de buurt. Elke gemeente kent in de systematiek van Wieringa derhalve twee verschillende getallen.
Binnen de gemeente is (voor zover mogelijk en hier en daar met wat uitzonderingen) een onderverdeling gemaakt in (boer)marken. Wieringa gaat uit van de marke omdat dit de kleinste historisch-geografische eenheid is. De grotere eenheid hierbinnen is het kerspel, dat weer redelijk samenvalt met de gemeente (1973, p. 174). De marken zijn in de inventaris terug te vinden in de namen die tussen haakjes zijn vermeld achter de gemeenten. Zie onder rubriek 2.3.
Een derde indeling die Wieringa hanteerde is die van de indeling in kaartbladen van de Topografische Dienst. De kaartbladen zijn rechthoekige gebieden van ongeveer 5 bij 6,5 kilometer. De provincie Drenthe is hierbij verdeeld in 58 kaartbladen, al bevinden zich op een aantal kaartbladen hiervan ook gebieden van buiten de provincie.

Tot slot zijn er nog allerlei andere bronnen zoals fiches, kaarten van stroomgebieden en topografische kaarten.

Ten aanzien van de stukken die betrekking hebben op een gemeente en daarbinnen op een marke kan het natuurlijk zo zijn, dat er in een bepaald inventarisnummer informatie betrekking heeft op een gebied dat niet op dat specifieke nummer van toepassing is, maar daar wel deel uit van maakt. Als voorbeeld: In een bepaalde map Dalen (Dalen, Wachtum) kan in het documentatie inventarisnummer van Wachtum iets zitten wat eigenlijk bij Dalen hoort. Dit is niet allemaal voor 100% gecontroleerd en het is ook niet altijd voor 100% te zeggen omdat de collectie gewoon niet duidelijk is op alle fronten en er bovendien soms op een klein stukje papier heel veel gegevens zijn genoteerd. Het verdient daarom aanbeveling om met het oog op de volledigheid van de stukken altijd een groter deel binnen de gemeente (en de kaartbladen en andere stukken die over het geografische gebied gaan dat je onderzoekt) te kijken dan alleen in een inventarisnummer.

Wat betreft de spelling van de topografische namen in de inventaris is die uit de Topografische Dienst Grote Provincie Atlas Drenthe 1:25.000 (eerste druk 1988) aangehouden. Wieringa geeft zelf nogal eens alternatieve spellingen, die zijn ingegeven door streektaal.